钓鱼岛列屿位于台湾东北方，琉球群岛主岛冲绳岛的西南方，先岛诸岛（宫古、八重山三群岛）北方。整个列屿由钓鱼屿（台）、黄尾屿、赤尾屿、南小岛及其他附近的三小礁所组成，其中以钓鱼屿最大，钓鱼岛命名由此而来。

在地质学上，钓鱼岛列屿位于“台湾海盆”地带，处于中国东海海床边缘，亦即位于中国闽浙二省东海地区的大陆礁层边缘，是中国大陆土地及台湾岛向海内的自然延伸，全部海床地区水深在二百公尺以内。钓鱼岛列屿以南十余海里海床，地形突变，水深达一千尺以上，地质学上称为“琉球海槽”，并无大陆礁层，故此钓鱼岛列屿在地理上与琉球群岛没有关连，并非现属日本的琉球本土陆地的自然延伸。

其实，在近百年来，台湾渔民经常在钓鱼岛列屿水域作业，并于遇到强风时把船驶往钓鱼岛及南小岛中间一条宽约一千五百公尺的海峡，当作“避风港”。反观琉球渔民在过去数十年间鲜有到此作业，最主要原因乃是中国东海一带整年受东北及西南季风影响，黑潮从台湾东部向东北流，琉球居民不可能横风流至此岛谋生，故台湾渔民在此岛上亦从未见过琉球人。